• historia roślinności vistulianu i holocenu, postglacjalna migracja roślin i zmiany zasięgów w oparciu o analizę pyłkową
• badania palinologiczne laminowanych osadów jeziornych
• analiza wpływu gospodarczo-osadniczej aktywności człowieka na środowisko, indykatory antropogeniczne, intensywność i kierunki przemian roślinności rejestrowane w badaniach palinomorf, pozostałości pozapyłkowych i węgli drzewnych
• analiza pyłkowa warstw kulturowych i obiektów na różnowiekowych stanowiskach archeologicznych

• Zapis naturalnych i antropogenicznych przemian szaty roślinnej w laminowanych osadach Jeziora Miłkowskiego (Pojezierze  Mazurskie) –  kierownik projektu (1998–1999)
• Historia roślinności Polski w późnym vistulianie  i holocenie w świetle map izopolowych wybranych taksonów drzew i roślin zielnych –  wykonawca  (2000-2003)
• Poźnoglacjalne i wczesnoholoceńskie przemiany szaty roślinnej na podstawie analizy pyłkowej osadów laminowanych jeziora Miłkowskiego na Pojezierzu Mazurskim – wykonawca (2001–2003)
• Stanowisko kultury magdaleńskiej w Dzierżysławiu na Górnym Śląsku – wykonawca (2001-2004)
• Tendencje i tempo antropogenicznych przekształceń roślinności w późnym holocenie na terenie Krainy Wielkich Jezior Mazurskich, NE Polska, kierownik projektu (2004–2007)
• Kopalne DNA bakterii jako wskaźnik lokalnej obecności człowieka. Korelacje z fazami przekształceń antropogenicznych środowiska notowanymi w holoceńskich profilach pyłkowych –  wykonawca (2005–2007)
• Zapis zmian klimatycznych i środowiskowych w rocznie laminowanych osadach jezior północnej Polski (TRANSECT-PL) – wykonawca (2008–2011)
• Przedrolnicze i wczesnorolnicze przemiany środowiska Krainy Wielkich Jezior Mazurskich –  kierownik projektu (2009-2012)

Wykaz  ważniejszych

publikacji:

• Wacnik A. 1995. The vegetational history of local flora and evidences of human activities recorded in the pollen diagram from site Regetovka, NE Slovakia. Acta Palaeobotanica, 35(2): 253-274.
• Wacnik A. 1999. Antropogeniczne przekształcenia lokalnej szaty roślinnej w okolicy Regetovki (NE Słowacja), w świetle analizy pyłkowej. (W): K. Wasylikowa (red.). Rośliny w dawnej gospodarce człowieka. Polish Botanical Studies, Guidebook Series: 127-137.
• Wacnik A., Worobiec E., 2001. Pollen analysis of the Middle Miocene profile from Legnica, southwestern Poland. Acta Palaeobotanica 41(1): 3-13.
• Wacnik A. 2001. Late-Holocene history of the vegetation changes based on the pollen analysis of the deposits at Krużlova, Slovakia. (W): J. Machnik. Archaeology and natural background of the Lower Beskid Mountains, Carpathians. Part I. Prace Komisji Prehistorii Karpat PAU. II: 127-135
• Wacnik A., Szczepanek K., Harmata K. 2001. Ślady działalności człowieka neolitu i brązu obserwowane w diagramach pyłkowych z okolic Przełęczy Dukielskiej i terenów przyległych. [W:J. Gancarski (red.) Neolit i początki epoki brązu w Karpatach Polskich]. Muzeum Podkarpackie. Krosno: 207-221.
• Ginter B., Połtowicz M., Pawlikowski M., Skiba S., Trąbska J., Wacnik A., Winiarska-Kabacińska M., Wojtal P. 2002. Dzierżysław 35 - stanowisko magdaleńskie na przedpolu Bramy Morawskiej. [W: J. Gancarski (red.). Starsza i środkowa epoka kamienia w Karpatach Polskich]. Muzeum Podkarpackie. Krosno: 111-14
• Ralska-Jasiewiczowa M., Goslar T., Różański K., Wacnik A., Czernik J., Chróst L. 2003. Very fast environmental changes at the Pleistocene/Holocene boundary, recorded in laminated sediments of Lake Gościąż. Paleo 3: Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology 193: 225-247.
• Buczko K., Magyari E.K., Bitusik P., Wacnik A. 2009. Review of dated Late Quaternary palaeolimnological records in the Carpathian region, east-central Europe. Hydrobiologia 631(1) 3-28.
• Madeja J., Wacnik A., Żyga A., Stankiewicz E., Wypasek E., Gumiński W., Harmata K. 2009. Bacterial ancient DNA as an indicator of human presence in the past: its correlation with palynological and archaeological data. Journal of Quaternary Science 24(4): 317-321. 
• Wacnik A. 2009. From foraging to farming in the Great Mazurian Lake District: palynological studies on Lake Miłkowskie sediments, northeast Poland. Vegetation History and Archaeobotany 18(3): 187-203.