W latach 2000-2001 dokonano znaczącej przebudowy "nowego" budynku IB PAN, przez nadbudowanie VI piętra, gdzie umieszczono 3 laboratoria, a także rozbudowano 3 najniższe kondygnacje o dodatkową, zewnętrzną część.

Pozwoliło to powiększyć pomieszczenia zielnikowe (grzyby i porosty) i techniczne w przyziemiu, zbudować na parterze nowoczesną salę wykładową na 80 miejsc oraz zmodernizować i powiekszyć pomieszczenie zielnika roślin naczyniowych na I piętrze.

Sala wykładowa posiada niewielkie zaplecze pomocnicze i jest przystosowana do wykorzystywania nowoczesnych urządzeń audiowizualnych. Zielnik roślin naczyniowych (największy w Polsce) został wyposażony w szafy kompaktowe. Jego obecny wygląd prezentujemy w innym miejscu serwisu.